Die geologischen Verhältnisse im Berg gaben bei der Planung eines Tunnels den Ton an. Die tatsächlich vorliegende Geologie liess sich jedoch nicht lückenlos vorhersagen. Vor allem einzeln vorkommende Karsthohlräume und Störzonen, die als möglicherweise instabil oder wasserführend eingeschätzt wurden, stellten eine grosse Herausforderung für die Tunnelbauer dar. Solche Vorkommnisse hätten den Tunnelvortrieb beeinträchtigen können, insbesondere die Arbeit mit einer Tunnelbohrmaschine – bei der es auch zu Beschädigungen des Bohrkopfes kommen könnte.

Bereits beim Bau des Autobahntunnels hat man im Bereich des Portals Gäsi ein weitläufiges Karsthöhlensystem – die sogenannte «Gäsihöhle» – tangiert. Im Jahr 2015 wurde deshalb das Karstrisiko entlang des neuen Sicherheitsstollens genauer erkundet, was wiederum in der Planung des Sicherheitsstollens entsprechend berücksichtigt wurde.