Der Bau des Sicherheitsstollens erfolgte zwischen 2020 und 2025. Vor dem Baustart waren umfangreiche Schutzmassnahmen zur Sicherung des steilen Geländes sowie Felsräumungen und der Abtrag des vorhandenen Erdreichs notwendig. Dazu wurden im Portalbereich Gäsi im Jahr 2015 Steinschlagschutznetze und Felsabdeckungen angebracht. Im Portalbereich Tiefenwinkel fanden diese Arbeitsschritte vor der Realisierung des Voreinschnitts, im Sommer 2020, statt.

Der Ausbruch des Sicherheitsstollens erfolgte von beiden Portalseiten. Beim Hauptangriff auf Seite Gäsi wurden die ersten 250 Meter sprengtechnisch ausgebrochen. Anschliessend wurde der Grossteil der Strecke mechanisch mit einer Tunnelbohrmaschine aufgefahren. Zeitgleich erfolgte vom Portal Tiefenwinkel her der Gegenvortrieb mit konventionellen Bagger- und Sprengarbeiten. Der Neubau des Sicherheitsstollens mit seinen Nebenbauwerken erfolgte dabei in drei Bauphasen:

Phase 1:
Bau des Sicherheitsstollens, der Zentralen und Nebenbauwerke sowie Ausbruch der Querverbindungen und Abluftstollen bis nahe an den Fahrraum des Autobahntunnels. Der Verkehr im Kerenzerbergtunnel wurde in dieser Phase grundsätzlich nicht beeinflusst. Die Bauzeit betrug rund 5 Jahre und fand 2025 seinen Abschluss.

Phase 2:
Die Querverbindungen zum Kerenzerbergtunnel werden durchgebrochen und an diesen angeschlossen. Damit kann der Sicherheitsstollen bzw. Fluchtweg in Betrieb genommen werden. Die Bauzeit für diese Phase beträgt etwa 1 Jahr und wird mit den Bauvorgängen der Instandsetzungsarbeiten im Haupttunnel koordiniert.

Phase 3: 
Im letzten Schritt werden die Abluftstollen an den Haupttunnel angeschlossen und die neue Tunnellüftung in Betrieb genommen. Die Bauzeit für die dritte Phase beträgt rund 1.5 Jahre. Auch diese Arbeiten müssen mit den Bauvorgängen der Instandsetzungsarbeiten abgestimmt werden.

Der Zugang zum neuen Sicherheitsstollen ist im Westen über die Zentrale Gäsi erschlossen. Sie liegt unmittelbar neben dem Portal des Autobahntunnels. Auf der Ostseite befindet sich das neue Portal rund 180 Meter nordwestlich des bestehenden Tunnelportals an der Kerenzerbergstrasse. Die neue Zentrale in Tiefenwinkel liegt rund 200 Meter im Berg und besteht aus einer Längs- und einer Querkaverne sowie einem vertikalen Lüftungsschacht. Dieser tritt nach rund 150 Metern im Gebiet Hochschleipfen an die Oberfläche.